一种多功能芯片检测装置，包括一机架及供芯片放置的芯片平台，还包括：检测光路模块、光路倒置机构和控制接口系统；所述的光电检测模块中的检测光路在芯片平台的上方，且所述的光路切换开关的反射镜在光路中时，可以完成阵列芯片的共聚焦扫描；所述的光电检测模块中的检测光路在芯片平台的下方时，且所述的光路切换开关的反射镜在光路中时，可以完成微流控芯片的激光诱导荧光检测；所述的光电检测模块中的检测光路在芯片平台的上方，且所述的光路切换开关的反射镜移出光路时，可以完成阵列芯片的CCD扫描；本发明适用范围广，检测光路调整灵活，数据处理由计算机自动完成。