本发明涉及一种基于两阶段法的主配网一体化分布式状态估计方法，方法包括：建立主配网一体化状态估计模型；将主配网一体化状态估计模型的配网模型解耦为若干子系统；建立解耦前主配网的状态量与解耦后子系统中状态量的线性关系；对解耦后子系统以分布式的方式独立进行状态估计；以解耦前后主配网状态量的线性关系为量测方程，建立状态估计模型进行状态估计，获取主配网的一体化状态。本发明提出的方法降低了计算量，有效且准确地解决了由于配网网络规模庞大造成的主配网一体化状态估计维数灾的问题，而且能够得到主配网一致的、精确的实时状态，为主配网一体化的分析与计算提供基础数据，进而提高了主配网一体化的运行可靠性。