本发明提供的低荧光漂白共聚焦成像方法，首先选取一共聚焦图像作为参考图像，并根据所述参考图像的像素值设定阈值，再根据实时荧光强度反馈与所述阈值比较结果判断像素内荧光分子密集程度，并根据像素内荧光分子密集程度控制像素的光照时间，最后获取低荧光漂白共聚焦成像图像，本发明提供的低荧光漂白共聚焦成像方法及系统，控制每个物方像素的光照时间，以更高效地利用荧光信息，在不牺牲图像质量的情况下降低了荧光漂白，可适用于多种生物样本。另外，本发明还提供了一种低荧光漂白共聚焦成像系统。