本实用新型涉及遥感技术领域，且公开了一种基于航空辅助的双通道高光谱测量系统，包括双通道高光谱数据测量单元、高性能旋翼无人机和采集控制单元，所述双通道高光谱数据测量单元包括双通道地物光谱仪、地物光谱下行辐射采集探头、下行探头增稳云台、地物光谱上行辐射采集探头和上行探头增稳云台，所述高性能旋翼无人机内部设置有飞控系统。本实用新型通过采集更精准的反射光谱数据：通过同时记录全天空下行辐射和地表上行辐射，消除了传统测量条件下光照变化所带来的误差和不一致性，相比传统测量，使用该双通道高光谱测量方法可以减少周期性测量白板的时间，降低测量误差，给用户提供更多的时间直接测量目标物。