本发明公开了一种功能性益生菌剂及其制备方法，属于功能性食品技术领域，具体涉及益生菌剂技术领域，按重量份数计，包括辅料，益生菌，保护剂，功能性成分，甜味剂，有机矿物质，所述保护剂为天然多糖提取物；所述功能性成分包括天然花青素，原花青素和天然多酚提取物的一种或多种。根据食用方法溶解后的溶液渗透压为240‑360mOsm/L，接近或为等渗溶液，配方中的成分除益生菌外，植物提取物占比超过95％以上，均为天然成分，制得的产品有一定的抗氧化性，热量低，可以作为微量元素补充剂使用，产品得常温条件下保存12个月，其益生菌活菌总数存活率≥80％。