本发明提供一种集成电路及其系统内编程电路。系统内编程电路包括动作启动器以及指令产生器。动作启动器根据第一时钟信号以接收输入信号来获得第一输入数据，根据比较第一输入数据以及目标数据来使能启动信号。指令产生器在启动信号被使能时，根据第二时钟信号以接收输入信号来获得第二输入数据，根据译码第二输入数据以获得系统内编程指令。其中，指令产生器提供系统内编程指令至存储器装置以使存储器装置执行存取动作，第一时钟信号的频率低于第二时钟信号的频率。本发明可以实现在不降低系统内编程动作的工作效能的前提下，有效降低功率消耗。