本申请提供了一种分子图重构模型的训练方法、装置以及电子设备，该方法适用于人工智能的药物领域，该分子图重构模型包括编码器、解码器和图匹配模块；本申请提供的训练方法中，一方面，将图匹配模块设计为预训练模块，并将图匹配模块输出的关系矩阵设计为用于计算样本分子图和重构分子图之间的重构损失，另一方面，将编码器输出的样本分子图的表征向量设计为解码器的输入向量，本申请提供的分子图重构模型的训练方法不仅能够使得分子图重构模型适用于的分子发现过程，还能够降低匹配复杂度和资源消耗，提升匹配的准确度，进而，提升了图匹配模块对分子图重构模型的指导效果。此外，本申请提供的方法还能够提升分子图重构模型的实用性及重构效果。