本申请提供一种基于阵列式特征图形的位置补偿方法和系统。该方法包括：在带有基准圆点和参考圆点的标定板中选取四个外围的基准圆点，并依次连接构成基准四边形；计算对应行或列的参考圆点到对应的基准边的距离；统计距离的最大值作为阈值；根据四个外围的基准圆点与工件对应的基准点，求解仿射变换矩阵；对所有的参考圆点的轮廓按照求解得到的矩阵进行仿射变换，得到椭圆拟合中心，并对仿射变换后的轮廓轨迹进行基于圆轮廓的拟合得到圆拟合中心；根据阈值，以及椭圆拟合中心和圆拟合中心进行位置补偿，去除定位误差，得到标定板圆拟合中心坐标；根据仿射变换矩阵对位置补偿后的参考圆点进行重映射，得到补偿后的实际位置。本申请中提高了相机的标定精度。