本发明公开的一种无人机架空线路巡检协同控制方法、系统和存储介质，其中方法包括：获取所述无人机的工作状态反馈信息，进行自检作业得到自检结果，并提取所述无人机运动轨迹；基于所述运动轨迹计算所述无人机的轨迹偏移度并存储到轨迹设定参数中，以更新每个所述无人机的飞行数据库；提取各所述无人机的电量状态以及机身损耗值，以得到各巡检状态下的所述无人机的回库时间，并进行排序以完成各所述无人机的协同控制。本发明基于无人机对架空线路的巡检基础上，对处于工作状态下的无人机进行自检作业，以得到飞行数据信息，以此进行数据迭代更新，可提高巡检飞行效率与检查效率，同时还可对无人机进行统一协同控制，使其更合理、有序。