本发明提供了一种活菌再制奶酪棒的制备方法，其原料包括以下质量百分比的组分：天然奶酪15％‑60％，脂肪制品0‑20％，蔗糖8％‑15％，益生菌菌粉1％‑2％，食品添加剂0.5％‑1.71％，余量用无菌水补至100％；其制备方法包括如下步骤：将除天然奶酪和益生菌菌粉外的原料在20‑30℃条件下混合均匀，得预混料；将天然奶酪切块后与预混料混合，搅拌加热，保温搅拌；再经均质，巴氏杀菌处理，乳化处理，获得物料A；将益生菌菌粉与无菌水混匀，获得物料B；将物料A与物料B按9:1灌装，1次灌装后冰水处理3s后开始2次灌装，封装冷藏即得活菌再制奶酪棒。本发明所制得的活菌再制奶酪棒含有高活性益生菌，与普通再制奶酪棒相比，营养更健康。