本发明提供了一种双色再制奶酪棒及其制备方法，其制备原料包括以下质量百分比的组分：天然奶酪、脂肪制品、甜味剂、2种天然果汁、食品添加剂和水；其制备方法包括以下步骤：将除天然奶酪外的原料在20‑30℃条件下混合均匀，获得预混料；将天然奶酪切块；将预混料与切块天然奶酪混合，搅拌加热，保温搅拌；再经均质、巴氏杀菌，获得一种或两种基料；分别将两种天然果汁加热、保温，将基料分别与两种加热保温的天然果汁混合，乳化处理，获得两种果汁奶酪；将两种果汁奶酪按1:1灌装，封装冷藏即得双色再制奶酪棒。本发明的再制奶酪能同时呈现2种颜色和2种风味，与普通再制奶酪相比，既营养又美味。