本发明公开了微生物间歇发酵过程的分数阶时滞最优控制方法，包括以下步骤：步骤1：建立间歇发酵过程的分数阶时滞系统模型；步骤2：建立分数阶时滞最优控制模型；步骤3：对步骤2中建立的分数阶时滞最优控制模型，设计最优控制方法，从而实现对微生物间歇发酵生产的最优控制。本发明可以为微生物发酵过程的提供更精确的数学模型，为提高微生物发酵间歇过程的生产效率提供最优控制策略。从而，将会大大减少实际生产过程的成本，提高实际生产过程的经济效益。