本发明涉及轨道检测技术领域，公开了一种基于轨道巡检机器人的轨道清洁系统，包括底座，底座的顶面两端设有可沿轨道自动行走的滚轮，底座的底面中心设有接触式轨距检测机构，底座的底面的四个角上均设有清扫组件，清扫组件包括连接座、连接轴、清扫头，连接座与底座固定连接，连接轴穿过连接座形成转动连接，清扫头设在连接轴的外端，清扫头的外侧面设有毛刷；底座的顶面设有用于驱动连接轴转动的驱动电机。本发明具有能自动清除轨道内侧壁的杂质、提高轨距检测精度的有益效果。