本发明涉及一种基于数据融合的自适应卡尔曼噪声估计方法及系统，包括利用多个传感器跟踪动态目标，获取每个传感器的观测值；基于前两个传感器的观测值进行第一次数据融合，得到第一融合数据；通过第一融合数据与再下一个传感器的观测值进行第二次数据融合，得到第二融合数据；以此类推，完成多个传感器的观测值数据融合，得到多个传感器的融合观测值；基于多个传感器的融合观测值得到过程噪声协方差矩阵估计值和测量噪声协方差估计值。本发明通过对多个传感器得到的测量序列进行数据融合以提到测量数据的精确度，解决卡尔曼模型噪声统计特性中二阶矩未知的滤波问题。