本发明涉及汽车制造技术领域，公开一种发动机控制系统、发动机控制系统控制方法及客车。发动机控制系统包括第一冷却循环回路、第二冷却循环回路、暖风回路、第一节流阀、第二节流阀、检测模块和控制模块。检测模块能够实时检测发动机的温度信息以及环境温度信息，控制模块能够根据检测模块检测的信息控制第一节流阀和第二节流阀的启闭和开度，以控制第一冷却循环回路中的冷却液流量、以及控制暖风回路通过第一支路或第二支路导通和控制暖风回路中的冷却液流量。本发明实现了发动机及暖风系统的综合控制，能够在寒冷环境下实现发动机的快速热机、以及风档玻璃的快速除霜，提高车内升温速度，减少车辆预热时间，且能源消耗少，经济实用性更好。