本发明提出了一种基于DNA链置换状态观测器的同结构的混沌系统同步方法，其步骤为：根据DNA链置换的化学反应和数学微分表达式之间的转化关系设计DNA化学反应网络，将DNA化学反应网络转换为微分表达式并合并构建驱动系统；构建线性变换系统；构造耦合控制器下的新线性变换系统，在耦合控制器的作用下驱动系统和新线性变换系统达到耦合同步；构建状态观测器；设计与驱动系统结构相同的响应系统；根据状态观测器与响应系统设计柔性变结构控制器，将柔性变结构控制器加入到响应系统中得到微分方程组，使状态观测器与响应系统达到同步。本发明的柔性变结构控制器对实现同结构的混沌系统之间的同步完全有效，状态观测器可以估计驱动系统的状态且有一定的鲁棒性。