本发明公开了一种适于乳糖不耐症人群的益生菌发酵牛奶及其制备方法，属于保健食品领域。本发明将菊芋茎秆洗净烘干后粉碎过筛得到菊芋茎秆颗粒，将菊芋茎秆颗粒用蒸馏水加热浸提，过滤后浓缩得到浸膏；将浸膏过硅胶柱层析，用乙酸乙酯进行洗脱，收集洗脱液，旋蒸后得到菊芋茎秆提取物；将牛奶与菊芋茎秆提取物混合后灭菌处理，加入益生菌发酵剂进行发酵，发酵结束后得到酸奶；向酸奶中加入菊粉和低聚果糖，混合均匀后冷藏进行后熟得到适于乳糖不耐症人群的益生菌发酵牛奶。本发明通过对菊芋进行处理与牛奶一起发酵，再加入菊粉和低聚果糖，益生菌产生的β‑半乳糖苷酶活力有较大提高，显著减轻L1患者摄入牛奶制品产生的不良症状。