本发明公开了一种发动机排气温度的控制方法和系统，该方法包括：若发动机的喷油量低于预设喷油量，确定发动机处于倒拖工况；若发动机的排气压力大于发动机的进气压力，按预设开度开启EGR阀；根据发动机的排气温度和发动机的冷却液温度生成流量控制阀的控制指令，控制指令包括关闭指令或开启指令；若控制指令为关闭指令，关闭流量控制阀，并根据中冷器后的第一温度控制节流阀；若控制指令为开启指令，开启流量控制阀，并根据EGR冷却器后的第二温度控制节流阀，从而实现更加准确的对发动机的排气温度进行控制，进而在发动机处于倒拖工况时提高了流经SCR的排气温度。