一种晶圆盒仓储系统，包括；一架体，周边环绕设有数个层叠式盒架，而各盒架各为一个具有对应坐标的晶圆盒的储位，并于各盒架中择一做为入仓盒架且择一做为出仓盒架或仅择一做为入仓/出仓共享盒架；一升降装置，设置于架体，而朝向架体内部具有一升降台；一平面三轴机器人，设置于架体内部，而将一基座设置于该升降台，基座设有一上臂与一上臂旋转马达，上臂设有一前臂与一前臂旋转马达，前臂设有一腕部牙叉与一腕部牙叉旋转马达；一操控单元，设置于架体，而将一人机接口设置于架体外侧，而控制升降装置与平面三轴机器人进行晶圆盒的入仓或出仓。本发明具有提升晶圆盒储置空间比率的功效。