本发明涉及一种DNA二代测序全流程质量分析方法，包括：步骤1)对生物样本进行基因测序；步骤2)上传基因测序得到的生物序列数据；步骤3)对原始测序序列文件fastq进行质量分析；步骤4)对完成与基因组比对的bam文件进行质量分析；步骤5)对变异信息vcf文件进行质量分析。本发明提供的DNA二代测序全流程质量分析方法，采用基因测序全流程给出详细的质量报告，可以确保每一步的正确性，在最后结果中可以给出正确的结果，而且对fastq、bam和vcf文件都做出详尽分析，质量分析报告不仅是对结果可靠性的一种评估作业，也是对最源头实验操作的一种反馈，可以很好地满足实际应用的需要。