本发明涉及一种基于晶振比例对时的三相同步方法及系统，属于配网自动化技术领域；所述方法，包括以下步骤：步骤S1，采集三相故障前时刻、故障时刻、故障后时刻、故障波形；步骤S2，以三相中的任意一相为参照相，同比例换算所述参照相故障发生时刻，剩余两相的参照时间；步骤S3，计算所述参照相故障发生时刻，所述剩余两相自身时间与参照时间的时间差；步骤S4，所述剩余两相根据所述时间差进行时间同步；所述系统，包括采集单元、汇集单元；通过比例计算方式，以一相为参照，对其它两相故障波形进行移点，使三相采集角度差符合要求；以保证三相设备对完时后，较长时间内不用对时，依旧可以保证三相设备采集的波形角度差符合相关要求。