本发明公开了一种微电极芯片制作工艺，包括制作微电极模板和微流道模板；利用高分子聚合物材料软刻蚀制作具有微电极流道的微电极基片和具有微流道的微流道基片；使用能增加微电极基片与熔融合金之间的粘合性的表面处理液对微电极基片上的微电极流道进行表面处理，采用熔融合金的方法浇筑微电极，获得具有微电极的微电极基片；将具有微电极的微电极基片和微流道基片进行键合处理制得微电极芯片，微电极完全或部分位于微流道中。该工艺对微电极流道进行表面处理，改变了微电极流道表面的性能，增加了微电极流道与合金之间的粘合性，提高了制备微电极的成功率，保证了微电极的质量。