本实用新型公开了一种精密仪器驱动系统柔性连接结构，包括导向结构和柔性连接结构，所述导向结构包括左支撑架、导向杆、右支撑架和导向块，所述柔性连接结构包括驱动块、柔性驱动件、刚性驱动件和连接块，所述导向杆的表面分别与左支撑架和右支撑架的内壁活动连接，所述导向块的左侧与驱动件的右侧固定连接，所述连接块的顶部固定连接有工作台，所述连接块的两侧分别与驱动块的右侧和柔性驱动件的左侧活动连接，所述柔性驱动件位于连接块和驱动块之间。本实用新型具有系统与工作台之间的柔性连接的功能，能达到降低加工、装配要求，降低成本，消除过约束，降低冲击载荷等要求，并且整体结构紧凑。