本申请适用于机器人技术领域，提供了一种关节轨迹规划的方法、装置、系统及存储介质，所述方法包括：主控制器获得机器人的每个关节的第一关节轨迹和第一运行参数集；各个关节运行至第一关节轨迹的中点处，主控制器判断存在目标区段，则主控制器获得机器人的每个关节的第二关节轨迹和第二运行参数集；主控制器获得各个关节在该关节的过渡轨迹的关节过渡时间；主控制器计算每个关节在其过渡轨迹的第三运行参数集；各个关节运行至过渡轨迹的终点；主控制器将目标区段作为当前区段，返回主控制器判断是否存在目标区段的步骤；实现各个关节的速度无需减为零即可平滑过渡，保证了多段轨迹间的速度连续性，从而提高了机器人运行的稳定性。