本发明涉及一种微通道器件加工工艺，依序包括以下步骤：在计算机内建立待加工的微通道器件三维数据模型；使用光固化打印机按照所得三维数据模型打印凹型板及平面板，所述微通道器件的微通道凹槽打印在所述凹形板表面，所述平面板表面平整无凹槽；对凹型板及平面板进行清洗干燥；将经过上述处理的凹型板及平面板进行真空贴合，所述凹槽板打印有凹槽的面为贴合面；真空贴合后再对其进行UV固化处理。相对于现有技术，本发明采用低成本的光固化打印机进行面成型，具有基板平整度好、制作效率高、操作简单和成本低的特点，可直接用于单件或小批量的微通道器件的快速制造，降低了微通道器件的生产成本，方法针对单件或小批量生产微通道器件非常高效。