本发明提供了一种集成分子束外延的新型约瑟夫森结制备方法，本方法适用于新型材料体系的高质量约瑟夫森结的制备，各真空部件通过传样杆实现互联，通过挡板阀进行隔离，实现各步骤之间的高真空有机互联，有效保证各步骤之间材料的纯度与薄膜的质量。在分子束外延腔体中添加多种束源炉，保证绝缘层材料体系的丰富性，在离子束蒸镀腔体中，采用不同种类的超导金属作为约瑟夫森结三明治结构的顶端与低端。本发明大大丰富了约瑟夫森结系统中的材料体系，又为结区的制备提供了全周期的高真空与高洁净度，极大程度提升了制得的约瑟夫森结的质量。因此，本方法对于超导干涉仪，超导量子计算机，参量放大器等以约瑟夫森结为基础的器件制备具有重要意义。