本发明提供了一种封装细胞的间质材料及其制备方法和应用，该材料以哺乳动物猪、牛、羊、马、鹿等的软骨为原料，经过裁切、低温微粒化研磨、酶解处理、清除细胞组成成分、病毒灭活、冻干和辐照灭菌处理制备而成，该方法用于非诊断目的，间质材料可单独或同封装细胞用于3D生物打印，材料的主要成分为II型胶原蛋白、硫酸软骨素和透明质酸，无交联剂毒性，具有低免疫原性，生物相容性好，可用于人体植入的优点；在结构上有良好的表面拓扑结构，为体外细胞培养提供类似体内的组织微环境，不仅可以作为细胞培养的微载体，还可以促进细胞团形成，在细胞保存和运输过程中，将细胞封存在凝胶态间质中，可保护细胞抵御不良环境的影响，提高细胞存活率。