本发明提供一种同轴双输出的复合轮系减速器，复合轮系减速器包括包括行星齿轮系、摆线针轮行星减速器和谐波齿轮减速器，行星齿轮系一侧与输入轴连接，行星齿轮系的星齿轮传动机构另一侧通过摆线针轮行星减速器与谐波齿轮减速器连接，谐波齿轮减速器驱动旋向相反输出外轴和输出内轴转动。一个输出轴通过柔轮与谐波减速机构相连，另外一个输出轴通过孔销输出结构与摆线针轮行星减速机构相连，系统动力经谐波齿轮减速机构和摆线针轮行星减速机构作用，使得两输出轴具有较大的输出扭矩，且它们的转动方向相反，这种复合减速器具有结构紧凑，传动比大，承载能力强，齿轮啮合齿数多，寿命长等优点。