本发明公开了一种印刷线路板的制造方法及系统，制造方法包括：设置多个单层板；在每个单层板上开设若干个第一定位孔和两个第二定位孔；所述第二定位孔为包括以至少两个通孔为一组的定位孔；在相邻单层板之间设置粘合层，所述粘合层上设置有与第一定位孔和第二定位孔相匹配的通孔；基于第一定位孔、第二定位孔定以及第一定位销和第二定位销将多个单层板按照顺序依次堆叠压合。第一定位孔和第二定位孔的结构不同，通过设置不同结构的定位孔精确定位多个单层板之间的位置关系，保证定位的精确性，第二定位孔包括的一组定位孔，是由多个通孔组成的，多个通孔构成一组定位孔本身就具有精确定位的效果，通过设置第二定位孔可以进一步保障定位精确性。