本发明公开了一种高精度的纳米压印对准方法及系统。纳米压印对准系统包括压印模板、压印胶层、光源和光强测量装置；压印模板包括第一基准光栅；压印胶层设有第一对准光栅；光源用于提供光束，该光束经过第一基准光栅和第一对准光栅后能够形成干涉图案；光强测量装置用于根据干涉图案获得干涉图案的光强分布图。本发明提供的纳米压印对准系统，包括设于压印模板上的第一基准光栅及由该第一基准光栅压印形成于压印胶层上的第一对准光栅，第一基准光栅和第一对准光栅具有相同的光栅结构，在执行对准操作时，第一基准光栅和第一对准光栅相互错位，基于相位差的计算可直接通过对应组干涉光光强来实现高精度对准。