本申请公开了一种用于图案层对准的对准标记系统及图案层对准方法，系统包括：第一图案层上的第一标记和第二图案层上的第二标记；所述第一标记和所述第二标记能够组合为一个对准标记，以在形成第一图案层和第二图案层之上的第三图案层时，所述第一标记和所述第二标记用于将第三图案层的掩模与所述第一图案层和所述第二图案层对准。在不改变光刻机原有扫描算法基础上，由于第一图案层上的第一标记和第二图案层上的第二标记能够组合为一个完整的对准标记，因此通过一次扫描即可得到两个标记组合形成的完整对准标记在晶圆上的位置，并根据扫描得到的位置进行对准，从而缩短了扫描时间，可以提升晶圆生产效率。