本申请公开一种激光器结构的制备方法及其结构，包括对第一衬底结构进行刻蚀处理，得到待制备绝缘结构的待生长区域，对绝缘结构进行刻蚀处理，得到波导结构，波导结构与第三衬底层连接设置，波导结构与第一衬底层间隔设置，且与第二衬底层间隔设置，对第二衬底结构进行离子注入，使得在第二衬底结构内形成缺陷层，键合第一衬底结构和第二衬底结构得到异质衬底结构，在异质衬底结构上制备外延结构和激光器脊条结构，得到激光器结构，激光器脊条结构在异质衬底结构的位置与波导结构在异质衬底结构的位置对应重合。本申请可以提高后续制备的激光器结构的热导率，改善激光器结构的性能以及提高激光器结构的寿命。