本发明公开了一种基于图神经网络的电力系统缺失数据重建方法及系统。本发明将当前时刻存在缺失的电力系统运行数据构建成矩阵并输入至一训练好的图神经网络，获得当前时刻重建的完整的电力系统运行数据；所述矩阵中缺失的电力系统运行数据为远离正常值的固定值表示；所述图神经网络利用基于所述电力系统收集的历史运行数据训练获得。本发明利用图神经网络从历史数据中学习到量测数据间复杂的时空相关性，从而准确高效的重建缺失的电力系统数据。本发明考虑了电力系统缺失数据重建，对保障电力系统安全稳定运行有着重要意义。