本发明公开了一种染色体拓扑关联结构域的预测方法，包括获取基因组区块之间互作矩阵中每个基因组区块并识别得到高频互作区；针对每个基因组区块从高频互作区中识别准核：处理每条染色体上识别的准核得到互不重叠的准核；对一条染色体上互不重叠的准核进行合并得到要预测的染色体拓扑关联结构域的核；确定附件候选区中每个基因组区块的从属关系并结合染色体拓扑关联结构域的核得到最终预测的染色体拓扑关联结构域。本发明还公开了一种实现所述染色体拓扑关联结构域的预测方法的预测系统。本发明充分利用Hi‑C数据的全局信息，缩减候选边界定位的范围，无需用户给出预定义参数，能够准确预测拓扑关联结构域，可靠性高、准确性好且效果较好。