本发明涉及一种基于凸函数的燃料电池和电池混合动力系统能量控制方法，包括以下步骤：步骤1：控制任意时刻的燃料电池和电池的功率输出满足负载的功率需求；步骤2：控制电池初始和最终的充电状态；步骤3：计算燃料电池的功率损耗P_{loss_fc}；步骤4：计算电池的功率损耗P_{loss_ba}；步骤5：结合步骤3和步骤4燃料电池和电池的功率损耗，得到两者整体的功率损耗P_loss；步骤6：利用凸优化和考虑降低燃料电池输出功率变化率，计算燃料电池电流参考值。本发明是实时能量控制，获得系统功率损耗最小化，并且达到降低燃料电池功率输出的变化率，从而提升燃料电池的寿命。