本发明涉及水平井入靶过断层的轨迹控制方法，包括如下步骤：根据已完钻井地层对比获取施工井所在区域的标志层划分数据、施工井地质工程设计给出的靶点数据以及断层数据；在沿轨迹方向的地震剖面上获取断层断距；由工程设计轨迹确定断层位置视平移对应的井斜、垂深，并计算出断层距离靶点的垂深；判断断层所在的层位，选取该层位上部和下部各一套标志层，并计算在邻井中两套标志层之间的垂厚及标志层二距靶点的垂厚；算出钻遇标志层二时的井斜和斜深；判断轨迹是由断层的上升盘钻至下降盘，还是由断层的下降盘钻至上升盘，根据不同的轨迹设计不同的入靶过程。本发明通过合理的轨迹控制，减小或规避断层带来的影响，实现轨迹顺利入靶的目的。