本申请公开了一种三维存储器的编程方法及编程系统，该方法对待编程存储结构的第一预设字线提供第一导通波形，对预设存储结构的第三预设字线和第四预设字线分别提供第二导通波形和第三导通波形，在第一阶段，由于第二导通波形的第五预设值大于第一导通波形的第二预设值，此时三维存储器沟道中的残余电子被预设存储结构吸引，到达预设存储结构的沟道中；为了避免残余电子返回待编程存储结构，第三导通波形在第五阶段时，导通电压从第七预设值降低为第八预设值，配合第二预设字线中通过的电压在预设存储结构中形成一个电压势垒，从而避免了残余电子对待编程存储结构的编程过程产生串扰，实现了避免残余电子对编程抑制操作产生不良影响的目的。