本申请实施例适用于芯片测试技术领域，提供一种FPGA芯片测试方法、装置、系统及计算机可读存储介质。方法包括：根据测试项目向配置芯片发送配置数据，以使配置芯片将配置数据烧入被测FPGA芯片，配置芯片设置在自动测试设备上；向自动测试设备发送测试激励数据，接收来自自动测试设备的测试响应结果。本申请通过设置在自动测试设备上的配置芯片，根据测试项目将配置数据发送到被测FPGA芯片，克服了现有自动测试设备不具备芯片配置功能的问题，无需制作FPGA芯片测试板，可随时通过测试软件向被测FPGA芯片发送配置信息，无需反复上下电插拔测试板，为FPGA芯片测试节省大量配置时间，提升测试效率。