本发明公开了一种抗洋流扰动的自主水下机器人动力定位方法和系统，该方法包括：步骤1，采集自主水下机器人的测量状态量；步骤2，根据设定的自主水下机器人的期望状态信息和所述测量状态量，构建自主水下机器人运动学状态空间模型和依据饱和性预设的约束，在二次规划求解模型预测控制的优化问题后，再通过动力学模型输出自主水下机器人的期望控制量；步骤3，根据所述测量状态量，获取洋流速度估计值；步骤4，根据所述期望控制量、洋流速度估计值和自主水下机器人的速度，通过积分滑模面，获得用于抵消外部扰动的控制量，并通过饱和函数获得滑膜控制量；步骤5，根据所述滑膜控制量和期望控制量，获取实际控制量。