本发明提供一种版图中孤立通孔的修正方法，包括：获取版图信息，确定目标通孔层；通过对所述目标通孔层的通孔进行区域扩展，得到所述通孔的通孔周边区，对每个通孔进行判断：通孔周边区内是否还存在其他通孔；若不存在，则判断所述通孔为孤立通孔；确定填充区域；在所述填充区域内填充辅助单元，修正所述孤立通孔。本发明的修正方法在版图设计阶段结合版图设计规则修正孤立通孔，可以在不影响电路原有连接关系的前提下，进行孤立通孔的实时检测和修改，有利于改进版图设计、优化半导体的制程工艺、提高生产效率和产品良率。本发明还提供的一种版图中孤立通孔的修正系统因能基于本发明的修正方法检测修改孤立通孔而具有相应优势。