本发明公开了一种晶圆缺陷检测系统及方法，系统包括处理单元、控制单元、信号采集单元、位移组件和检测组件；工作过程为位移组件带动晶圆移动，巡边探测单元将拍摄到的晶圆边缘信息结合位移台移动位置，得到晶圆相对于检测组件光轴的坐标位置，随后，根据晶圆的坐标位置移动位移台，线阵探测单元和面阵探测单元分别对晶圆表面进行扫描拍摄，采集得到的数据经信号采集单元传输给处理单元分析使用。本系统中包含了巡边探测单元，能够补偿由于晶圆放置位置的偏差带来的定位偏差，同时，线阵探测单元和面阵探测单元根据位移组件高精度的位置反馈，在不同位置拍摄图像，可以建立晶圆位置与图像的对应关系，有利于后续的图像拼接和缺陷识别处理。