本发明提供了一种晶圆对准方法、装置、存储介质及电子设备，涉及半导体集成电路技术领域，所述方法包括：获取第一晶圆表面的第一预设对准标记与第一晶圆表面的第二预设对准标记之间的连线作为第一对准线；获取第二晶圆表面的第三预设对准标记与第二晶圆表面的第四预设对准标记之间的连线作为第二对准线；将所述第一对准线映射至所述第二晶圆表面所在的坐标系，获得映射线；获取所述映射线与所述第二对准线在所述坐标系中的位置偏差；基于所述位置偏差，执行所述第一晶圆与所述第二晶圆之间的对准操作。本发明提供的技术方案，能够大大简化晶圆对准操作，并提高晶圆对准精度。