本发明属于发动机扭矩控制技术领域，公开了一种非均匀做功发动机的扭矩控制方法及扭矩控制系统，包括以下步骤：S1、获取发动机扭矩控制信息；S2、根据发动机扭矩控制信息，计算修正后发动机目标指示扭矩；S3、根据发动机扭矩控制信息和修正后发动机目标指示扭矩，计算所有气缸均工作时每循环喷油量总和；S4、根据发动机扭矩控制信息和每循环喷油量总和，计算各个气缸单个循环总喷油量；S5、根据发动机扭矩控制信息和单个循环总喷油量，计算各个气缸的喷射序列、每次喷油提前角及喷油量、单个循环目标进气流量和目标轨压。本发明的非均匀做功发动机的扭矩控制方法，考虑非均匀做功工况对输出扭矩的影响，有效降低声振粗糙度。