本发明涉及一种芯片真空镀膜装置及镀膜方法，装置包括真空箱体，其内连通有顶部电子发射腔体和底部溅射腔体，顶部电子发射腔体顶部有初级电子发射器；顶部电子发射腔体内，位于初级电子发射器下方设置有用于供初级电子发射器发射电子增加动能的电子动能加速器；阴极机构设置于底部溅射腔体内，其内部具有与外部循环的冷却水，且位于电子动能加速器下方，底部溅射腔体内充有氩气，阴极机构中部安装有靶材，靶材下部设置有供工件冷却的冷却基台，电子动能加速器至工件之间形成增速溅射离子通道；电器柜与初级电子发射器、电子动能加速器、阴极机构、真空系统及氩气供给系统电性连接。本发明满足芯片孔50：1深宽比以上的真空镀膜要求。