本发明属于重离子加速器技术领域，涉及一种集成电路单粒子效应定位系统，包括：重离子定位模块、单粒子效应检测模块和径迹拟合模块，重离子定位模块，设置在重离子束流通道的四周，用于对重离子束流中的粒子进行定位；单粒子效应检测模块，设置在重离子束流通道的后方，用于放置待测集成电路，并将此其对应的单粒子效应；径迹拟合模块，用于将重离子定位模块和单粒子效应检测模块获得的数据进行拟合，从而获得待测集成电路的敏感区。其记录发生单粒子效应时重离子在集成电路上的击中位置及所有重离子的击中位置，从而精准给出单粒子效应的敏感区域，为研究器件设计与单粒子效应的关系、单粒子效应产生机制和抗辐射加固提供精确的实验数据。