本发明公开了一种柔性机械臂系统高阶滑模抗干扰控制方法，适用于柔性机械臂系统的高精度位置控制，首先根据柔性机械臂结构建立柔性机械臂的动力学模型，同时考虑电机侧和连杆侧动力学，将机械臂存在的齿隙非线性和模型不确定性作为外部扰动引入到机械臂动力学模型中，建立柔性机械臂四阶动力学模型；针对高阶系统中存在的非匹配扰动设计扩张状态观测器对未知扰动进行实时估计，在此基础上设计高阶滑模控制器并对非匹配扰动进行补偿；针对高阶滑模控制器在平衡点附近存在控制量的较大波动设计了基于扩张状态观测器的高阶滑模控制器，保证机械臂系统位置跟踪性能前提下降低了控制输入量的波动幅值，利于在工程实际中应用。