本发明涉及电子技术领域，尤其涉及一种含有微流道散热结构的三维堆叠封装结构及其封装方法，该结构包括芯片封装部分和硅基板封装部分，所述芯片封装部分由含有硅通孔的多层芯片通过三维堆叠封装构成，所述硅基板封装部分由硅基板构成，硅基板上设有与外部引线互连的微凸点，所述芯片封装部分通过微凸点键合装配到硅基板上，所述多层芯片上刻蚀有相对应的供冷却液水平方向流动的微流道和上下层流动的通孔，所述微流道和通孔的周围设置有密封环。本发明不仅降低了工艺复杂度和成本，也不会造成三维堆叠结构整体厚度的增加。