本发明涉及一种在单个半导体衬底上以改善的对准精确度形成多种阱同时避免在阱之间产生台阶高度的方法。配置该方法以执行如下的步骤：在半导体衬底上形成选择性蚀刻膜；使用第一抗蚀剂膜作为掩模，在第一阱形成区和对准标记形成区上方的选择性蚀刻膜上形成开口，用于界定第一阱形成区和对准标记形成区；用第一导电型的掺杂剂注入第一阱形成区且去除第一抗蚀剂膜；形成第二抗蚀剂膜以至少遮掩第一阱形成区，第二抗蚀剂膜在对准标记形成区上方的开口大于选择性蚀刻膜在同一区域上方的开口；以及使用第二抗蚀剂膜和选择性蚀刻膜作为掩模通过进行蚀刻工艺来形成对准标记。