本实用新型公开了一种基于弹性模板的微纳米热压印设备，涉及微纳米热压印相关技术领域，包括底板，所述底板的上表面中部设置有微波加热器，微波加热器的外侧设置有四个呈矩形分布的支撑板，支撑板的顶端固定连接有加热板。本实用新型通过限位板和活动片来限位弹性模板，使得模板发生损坏时可以随时更换新的模板。本实用新型还公开了一种基于弹性模板的微纳米热压印工艺，包括以下步骤：A：制备母版、B：制备弹性模板、C：涂布热可塑性材料薄膜、D：微纳米热压印、E：刻蚀。本实用新型不仅能保留微纳米热压印工艺所具备的低成本、能够加工高精度3D微结构方面的优势，又避免了该工艺在模板寿命、加工误差、良品率和生产效率等方面的不足。