本实用新型公开了一种化学晶片的清洗设备，其结构包括反应部、清洗药剂混合槽和曝气管，反应部内分别通过上隔板、下隔板将其分隔成缓冲腔、载体反应腔和化学循环腔，载体反应腔内置有载体，载体反应腔的侧壁上设有腔体加热器，曝气管设置在下隔板的两侧，曝气管开设有多个小孔，曝气管内导入有惰性气体，上隔板和下隔板均设有若干个过滤孔，过滤孔内嵌设有滤布，清洗药剂混合槽与缓冲腔之间通过抽取泵相连接，缓冲腔与化学循环腔之间设有循环排放泵、滤罐。采用上述技术方案后，通过在载体反应腔内设有载体和曝气管，即在曝气管和清洁液的作用下，载体能悬浮进而碰撞待洗晶片，能够对高附著性的表面残留污染物质，皆可有效去除，同时降低了成本。